Ad Hong Kong, Sydney attende in una Stanza, Michael entra e le racconta dopo il suo scontro in casa con il duplicato di
Francie, il suo appartamento andò fiamme, Will si salvò ma all'interno trovarono anche dei resti umani carbonizzati dai quali
ricavarono una sequenza di dna che combaciava con quello di Sydney e tutti pensavano che fosse morta.
Sydney nota subito la fede al dito di Michael e lui le dice che negli ultimi due anni si è sposato e gli dice che è stata la
CIA a chiedergli di ritornare perchè volevano che fosse lui a reintrodurre Sydney nell'agenzia, perchè ora lui fa
l'insegnante di francese in una scuola.
Sydney non crede a quello che Michael gli ha racconta e lo attacca riuscendo a fuggire dall'edificio, ma all'esterno si
alcuni agenti riescono a bloccarla così Michael la addormenta sparandogli un dardo tranquillante.
Sydney si risveglia in una stanza di ospedale dello Stafford Naval Hospital ammanettata ad una sponda e al suo fianco vi è
Dixon, il quale le dice che era veramente Michael quello che ha visto a Hong Kong.
Sydney non ricorda nulla e vorrebbe sapere cosa è successo nei due anni in cui è mancata. Dixon le dice che da 6 mesi è il
nuovo direttore della loro divisione CIA, in sostituzione di Kendall.
Weiss entra nella stanza e chiama in disparte Dixon, gli dice che l'agente Scott Kingsley ha sia il pacco che l'esca ed si
trova su un treno per Avignone. Dice inoltre che la “Convenzione” vuole impossessarsi del chip che lui nasconde Dixon chiede
mi mandare una squadra a Parigi per controllare in quanto Kingsley è in silenzio radio.
Dixon rientra nella stanza, Sydney chiede a Dixon notizie di suo padre. Lui le risponde che Jack si trova da un anno in
isolamento in una prigione di massima sicurezza sotto la custodia del Consiglio di Sicurezza Nazionale e la loro prassi non
ammette visite.
Nel Frattempo, nella carrozza del treno in cui viaggia Kingsley, irrompe un gruppo armato che lo localizza e prima di
ucciderlo si impadronisce di un chip che è nascosto in una falsa moneta da un'euro.
Sydney si sveglia di soprassalto e, parlando con Weiss che si trova li, gli dice di ricordarsi dove è stata negli ultimi
anni. Sydney viene subito portata al quartier generale della CIA da Weiss, ma prima di parlare con Dixon incontra Marshall e
Carrie Bowman la quale le dice di essere incinta di Marshall ma con il quale non è ancora sposata..
Da Dixon, Sydney dice di essere stata tenuta prigioniera in una base di Parigi della Convenzione, di aver sentito pronunciare
il nome “Kingsley” e di ricordare nettamente tre facce dei suoi rapitori.
Dixon e Lindsey, il direttore del CSN li presente, le dicono che Kingsley era un'ingegnere che lavorava per loro ma è stato
ucciso da un gruppo armato la notte precedente e gli sono stati rubati dei progetti di un aereo spia non individuabile che
può essere facilmente convertito allo scopo di lanciare armi biologiche o chimiche.
La CIA ha in progetto di irrompere nella base della Convenzione, e Lindsey vuole che Sydney si aggiunga alla squadra perchè
li possa aiutare nella missione, ma Dixon è contrario.
Sydney accetta a patto che le venga permesso di incontrare li padre, e Lindsey vedendola come innocente in tutta questa
vicenda accetta. Nella prigione di massima sicurezza, Sydney incontra Jack, che le dice di essere stato arrestato per
resistenza all'autorità in quanto alla notizia della sua morte incominciò a fare ricerche per conto suo sulla vicenda
collaborando con Irina, che era al 6° posto della lista dei ricercati della CIA. Quindi il CSN, appresa la notizia, per mano
di Lindsey, lo fermò mettendo in dubbio la sua fedeltà al paese.
Poi, Sydney usando un dispositivo anti-intercettazione, rivela al padre di essersi inventata i ricordi di Parigi grazie alle
parole scambiate fra Dixon e Weiss in ospedale e di averlo fatto per usarla come moneta di scambio per incontrarlo.
Jack chiede a Sydney di non smettere di fare delle ricerche sui suoi ultimi due anni e di riguadagnarsi la fiducia e
l'autorizzazione della CIA per poter indagare ancora e aggiunge che lui ha sempre saputo che lei era viva ma ostacoli lo
hanno fermato nella sua ricerca. Ad un certo punto, quando gli sta per rivelare un'importante scoperta che aveva fatto il
dispositivo di anti-intercettazione di Sydney si disattiva mettendo fine anche alla loro conversazione.
A Parigi, Weiss guida Sydney ed una squadra di uomini alla ricerca del chip in un hangar di Parigi. L'edificio sembra
abbandonato ma la missione va male, vengono intercettati da un gruppo armato e sterminati tutti.
Solo Sydney e Weiss si riescono a salvare, in quanto Sydney riesce a mettere in fuga l'uomo, lo stesso che guidava il gruppo
armato che ha ucciso Kingsley, che sta per sgozzare il suo Weiss.
Sydney si sente in colpa della morte dei membri della squadra in quanto ha inventato i suoi ricordi solo per potersi
riguadagnare la fiducia della CIA.
Sydney dice che non può ritornare a Los Angeles, ma vuole trovare un informatore con dei contatti per dare un nome alla
faccia dell'uomo che ha appena cercato di uccidere Weiss e ritrovare il chip e ritornare alla CIA.
Weiss gli fa il nome di Sloane in quanto a lui è stata data l'amnistia dopo la sua morte per aver aiutato l'agenzia a averli
aiutati a smantellare due dozzine di cellule terroristiche e passando delle informazioni preziose. Ora è consulente della CIA
e guida un'organizzazione mondiale per la sanità a Zurigo chiamata OmniFarm.
Sydney si reca a Zurigo ed irrompe nell'ufficio di Sloane che la sta aspettando: l'uomo di cui Sydney conosce il volto è un
cecchino russo chiamato Gordei Volkov.
Sydney minaccia di uccidere Sloane in quanto pensa sia il responsabile della sua sparizione, ma Sloane le dice di aver
cambiato vita dopo che "il Dire", la macchina di Rambaldi, gli ha comunicato un messaggio a cui lui non era preparato: la
parola “Pace”, e da quel giorno ha deciso fare del bene al mondo finanziando molte iniziative umanitarie o di ricerca medica
e aiutare la CIA. Sydney esce dal suo ufficio e rivolgendosi a Sloane gli dice di non credere al suo cambiamento.
Sydney riesce ad incontrarsi con uno dei suoi contatti per avere informazioni su Volkov. Il contatto le dice che Volkov ha in
programma un incontro a Praga per la vendita di qualche cosa...
Quindi Sydney va a Praga e fa esplodere l'auto dove si trova Volkov riuscendo a recuperare facilmente il chip...
Tornata alla CIA, Sydney minaccia di distruggere il chip con la fiamma ossidrica davanti a Lindsey se lui non acconsentirà
alla scarcerazione immediata di suo padre Jack. Lindsey accetta.
Michael incontra Sydney, ma il loro incontro è freddo e sfocia in una lite dove
Sydney esterna tutta la sua rabbia.
Jack torna finalmente alla CIA e porta Sydney in un magazzino per farle vedere un video che ha registrato mentre stava
spiando, per una missione, un diplomatico russo di nome Andrian Lazarey circa un'anno prima: nel video si vede una donna
bionda, incontrare Lazarey e ucciderlo tagliandogli brutalmente la gola. Ad un certo punto la donna si volta e che si vede il
volto di Sydney.
