Il Dipartimento di Ricerche Speciali dell’agenzia si
impossessa del congegno che Sydney e Will hanno recuperato nell’hotel di
Varsavia: il cubo di Rambaldi. Sydney crede così di aver perso un’altra chance
di scoprire cosa le fosse successo nei due anni precedenti. A casa continua però
ad analizzare i pochi elementi a disposizione…qualcuno nel mentre si introduce
nell’abitazione e tramortendola la rapisce. Si risveglia dopo qualche ora in
volo su un aereo, il direttore del Dipartimento Ricerche Speciali, Kendall l’ha
fatta prelevare da casa e la sta portando nei suoi laboratori. Lui si rivela
essere, finora, l’unico a conoscenza del periodo di buio di Sydney: proprio lei
gli aveva fatto promettere di non dire nulla della sua sopravvivenza. Kendall
comincia così il suo racconto. Nove mesi dopo la sua presunta morte, da Roma,
Sydney telefona a Kendall, rivelandogli di essere viva e di essere scappata da
un’organizzazione criminale, chiamata la Convenzione, che l’aveva sequestrata. I
due decidono di incontrarsi in una safehouse in Toscana: Sydney ha i capelli
lunghi e biondi, un alias che non aveva mai usato prima…chiede di suo padre, di
Will e di Vaughn, di poterli vedere e contattare. Ma Kendall glielo impedisce
perché troppo pericoloso per tutti e perché le cose sono cambiate. Sydney
realizza il peggiore epilogo della sua scomparsa: Vaughn si è sposato…decide
così di collaborare in segreto con Kendall per sconfiggere la Convenzione, senza
contattare le persone della sua vita. Dopo la sparatoria con il duplicato di
Francie Sydney aveva perso i sensi e l’appartamento era andato a fuoco, per
fortuna Will era riuscito a scappare. Dopo pochi giorni, si risveglia in un
furgoncino sulla spiaggia legata, imbavagliata e tenuta sedata da un medico
della Convenzione assiste al suo funerale e alla disperazione delle persone
care. I mesi successivi fu torturata, lasciata senza cibo per giorni e fu
tentato di convincerla di chiamarsi Julia Thorne: ma il lavaggio del cervello
non funzionò, se non all’apparenza, perchè da bambina era stata sottoposta ad
una procedura che avrebbe impedito il condizionamento mentale (il progetto
natale, di cui Jack Bristow era uno dei fautori). Per potersi liberare finse di
essere convinta di chiamarsi Julia Thorne e uccise un uomo, un prigioniero come
lei, per dar prova di fedeltà alla Convenzione. Ma cosa peggiore le erano stati
tolti alcuni ovuli, per esperimenti: il suo legame con Rambaldi era sempre più
stretto… Sydney decise di farsi cancellare dalla memoria ciò che le era
successo, per questo non ricordava nulla.