Vaughn e Sydney sono a Chamonix, osservano uno chalet, di proprietà di un trafficante d’armi, protetto e quasi inespugnabile, legato alla Convenzione. L’agente disertore, Liezenker, vi ha nascosto un chip, copia dell’agenda Doleac, un manuale operativo che indica i sei capo cellula della Convenzione ed ogni probabile informazione sull’organizzazione. Lo chalet ha un sistema di protezione incredibilmente sofisticato, opera di Tony Cummings. Sydney deve vedere Tony Cummings e consegnarla all’agenzia: solo lei può espugnare lo chalet. A colloquio con la psicologa dell’agenzia, la dottoressa Barnett, Sydney affronta il suo legame per Vaughn e le tensioni che si sono create tra lui e la moglie Lauren per il ritorno di Sydney e per il grande attaccamento di Vaughn alla sua ex. Sark e Lauren hanno i nomi dei capi cellula della Convenzione e vogliono eliminarli, per scalare al comando. Per evitare ulteriore imbarazzo Sydney chiede a Dixon di sostituire Weiss a Vaughn in missione. Insieme Sydney ed Eric, con gli alias di due trafficanti di pietre preziose, vanno in un locale ad Atene, dove incontrano Tony Cummings. Con la scusa di volerla assumere per un sistema di allarme e con l’offerta di una manciata di diamanti attirano in privato la Cummings e la arrestano. Alla CIA la Cummings e Marshall progettano insieme l’equipaggiamento per la missione nello chalet. Sloane, creato il liquido che potrebbe condurlo al messaggio di Rambaldi, lo inietta nelle sue vene, ma non ha alcun riscontro. Messo a punto l’equipaggiamento Sydney, Jack e Vaughn vanno a Chamonix. Mentre cercano di infiltrarsi, a Los Angeles, durante il collegamento con Marshall, avviene un contrattempo: Carrie ha le doglie e Marshall deve dividersi in due, monitorare i colleghi in missione e assistere alla nascita del primogenito. Dopo poco nasce il piccolo Mitchell. A San Pietroburgo Sark incontra il vice capo della Convenzione, una vecchia conoscenza dell’SD-6 : MacKenas Cole, senza saperlo, Sark, eliminando i capo cellula ha aiutato la scalata al potere di Cole, che nomina Julian e la Reed a capo della cellula del Nord America. Cole ordina a Lauren di controllare meglio il marito: il rapporto con Sydney altera gli equilibri e Lauren la minaccia e le intima di stare lontana dal marito.
